Итак сюжет основывается на том моменте, как Пейн разрушил Коноху. Но когда Наруто поговорил с Нагато, тот изменился и воскресил души всех людей, которых убил (даже Джирайю). И при помощи особой техники Деревни Песка (Техника бабушки Чиё) Нагато смогли поднять на ноги. Из него успешно извлекли железные колья и он теперь может спокойно передвигаться. После этого инцидента Пейн, вместе с Конан вернулись в Аме и там поженились. Нагато стал каге. Тем временем Коноха, довольно таки быстро, начала отстраиваться. Пока отстроилось только главное здание Хоккаге. Джирайя вернулся в Коноху. Данзо становится 6 Хоккаге и отдаёт приказ корню АНБУ, чтобы следили за Наруто и чтобы он не выходил из деревни. Всем каге деревень отправлено письмо о встрече 5 каге в стране снега. Саске вместе со своей командой уходят в Коноху, чтобы отомстить. Но Тоби останавливает его и говорит что он должен ещё убить Данзо. Учиха соглашается. Зецу показал им путь к собранию. Там у Саске появляется новая техника-Сусано. Спомощью неё, Учиха убивает Райкаге и Данзо. Пока Саске убивал их, Тоби разрушил Кумо, Деревню скрытую в облаках. После смерти Данзо целю Саске снова стала Коноха. После убийства 2-ух каге, Учиха Саске стал международным преступником. Наруто ужасается когда узнает, что его друг убил Райкаге и Хоккаге. После смерти Данзо, Какаши занял пост Хоккаге. В это время, Цунаде отходит от комы. Но теперь она уже не может быть главой Конохи, так как надо ждать, пока Какаши уйдёт в отставку. Но Какаши эта работа была слишком занудной и скушной, тогда он уходит в отставку и становиться снова Джонином и ходит на миссии. Бабушка Цунаде снова стала 5 Хоккаге, а Шизуне, её помощницей. Саске узнаёт от Тоби что Коноха разрушена Пейном. Но он сказал что сотрёт всё, что осталось от Конохи. Сакура узнаёт что Наруто её любит, и они вскоре становятся парой. Вскоре, подписался мирный договор между Конохой и Аме, Суной и Аме, Ивы и Ото, Конохи и Звезды. Орочимару вселяется в тело Кабуто и тот, стал главой Ото. Цели Ото-Уничтожить Коноху, Акацук и Саске.